O projeto Pinípedes do Sul desenvolve diversos monitoramentos para registrar e avaliar a ocorrência e a mortalidade dos pinípedes, sendo eles: 

Monitoramento dos pinípedes no REVIS do Molhe Leste.

São realizadas saídas periódicas para o Refúgio da Vida Silvestre no Molhe Leste, em São José do Norte. A frequência dos monitoramentos é quinzenal e o deslocamento ocorre através de embarcações dos pescadores parceiros.

O objetivo das saídas é registrar o número de leões e lobos marinhos ocupando o refúgio, a classe etária (adultos, subadultos e juvenis), o comportamento, atividades antrópicas e a presença de outros mamíferos marinhos. Os dados coletados são registrados em planilhas de campo, especialmente desenvolvidas para essa finalidade. 

Monitoramento dos pinípedes na 4° secção da Barra do Rio Grande.

São realizadas saídas periódicas para a 4° secção da Barra do Rio Grande, com frequência quinzenal. O monitoramento ocorre juntamente com as saídas para o REVIS do Molhe Leste, utilizando a viatura para monitorar os três pontos de ocorrência dos pinípedes na Barra.

Monitoramento da ocorrência de leões-marinhos-do-sul no cais do Mercado Público e da Hidroviária.

A equipe realiza monitoramentos semanais no cais do Mercado Público, Hidroviária e Rincão da Cebola, para registrar a ocorrência dos leões marinhos. Será monitorado o número de indivíduos por saída, o comportamento e as atividades antrópicas que ocorrem próximas aos pontos monitorados. Ademais, serão realizados diálogos entre a equipe do projeto e a comunidade do entorno, com o objetivo de sensibilizar e sanar as dúvidas sobre a biologia e ecologia dos leões marinhos.

Monitoramento dos pinípedes nas praias.

Com o intuito de registrar a ocorrência sazonal dos pinípedes na costa sul do Rio Grande do Sul, dividiu-se a região adjacente do Porto de Rio Grande em duas áreas de monitoramento: litoral norte, iniciando na base do Molhe Leste, município de São José do Norte e finalizando na Barra do Arroio do Estreito, totalizando cerca de 50 km de praia; litoral sul, iniciando na base do Molhe Oeste, município de Rio Grande e finalizando no Farol do Sarita, compreendendo um total de 60 km de praia. As saídas de praia são realizadas mensalmente, com o objetivo de registras a ocorrência e a mortalidade dos mamíferos marinhos, em especial dos pinípedes, bem como realizar a biometria dos animais, verificar sinais de interações antrópica. 

Historicamente a equipe do projeto sempre realizou monitoramentos de praia com um total de aproximadamente 355 km por mês. A região sul totaliza 220 km, iniciando na base do Molhe Oeste, município de Rio Grande e finalizando na base na Barra do Chuí, no município de Santa Vitória do Palmara. Já a região norte totaliza 135 km, iniciando na base do Molhe Leste, município de São José do Norte e finalizando na barra da Lagoa do Peixe. Entretanto, os monitoramentos de praia são adequados a cada projeto, de acordo com as suas necessidades e orçamento. 

Monitoramento dos resíduos sólidos e oleosos.

O monitoramento do descarte dos resíduos que chegam ao cais do Porto Histórico, através das embarcações pesqueiras e operações portuária, são realizados três vezes por semana. Essa atividade tem por objetivo observar as condições da deposição dos resíduos no cais e classificar o seu descarte como correto e incorreto. O descarte correto é indicado quando não há depósito de resíduo fora do local determinado (contentores) e o incorreto é quando o ponto de coleta apresenta resíduo depositado fora dos contentores, e/ou misturados entre as classes que são agrupados de acordo com o Plano de Gerenciamento dos Resíduos Sólidos do Porto do Rio Grande (PGRS).